Di Godot, Anda memecah game Anda ke dalam scene yang dapat digunakan kembali. Sebuah scene bisa berupa karakter, senjata, menu antarmuka pengguna, sebuah rumah, level, atau apa pun yang Anda bayangkan. Scene di Godot sangat fleksibel; mereka berfungsi sebagai prefab dan scene di beberapa engine game lain.
Anda juga dapat nest scene. Misalnya, Anda dapat meletakkan karakter dalam sebuah level, dan menyeret dan menjatuhkan sebuah scene sebagai anak dari karakter tersebut.
